Secondo Tucidide, Selinunte fu fondata verso la metà del VII secolo a.C. da coloni greci provenienti da Megara Iblea. Il sito scelto stava sulla costa del Mar Mediterraneo, tra le due valli fluviali del Belice e del Modione.
La città ebbe una vita breve (circa 200 anni). In questo periodo la sua popolazione crebbe fino a raggiungere le 25.000 unità. Il nome deriva dal sedano selvatico (σέλινον in greco) che i coloni vi trovarono in abbondanza. Una pianta di prezzemolo era raffigurata anche sulle monete coniate più tardi a Selinunte.

La città fu l'avamposto occidentale della cultura greca in Sicilia. Si alleò con Cartagine, soprattutto per assicurarsi protezione contro la vicina città elima di Segesta. Ma dopo la disastrosa spedizione in Sicilia degli ateniensi (415-413 a.C.) cambiarono gli equilibri: Segesta, prima alleata di Atene, riuscì ad assicurarsi l'alleanza con i cartaginesi. I selinuntini non avevano colto i segni del cambiamento ed invasero i territori segestani, che credevano ormai privi di protezione. Invece la reazione di Cartagine fu drastica: la città venne assediata per nove giorni da un esercito di 100.000 cartaginesi e, secondo Diodoro Siculo, distrutta completamente. Su 25.000 abitanti 16.000 morirono e 5.000 furono fatti prigionieri.

Selinunte fu successivamente ricostruita da coloni greci e punici. Nel 250 a.c. Roma, dopo aver vinto la prima guerra punica, distrusse una seconda volta la città, che non si sarebbe più ripresa.

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